どっちにしろシェル使うもんです。

shell_exec('<シェルのコマンド>');

返り値には標準出力の内容が入りますので、端末を使っているような感じです。phpがsafeモード設定になっていると使えません。セキュリティー的には通常のシステムユーザーが使用できる範囲でのコマンドしか使えないのでrootのパスワードが漏れない限りシステムとしては問題ありません。FBIのサーバーだったらsafeモードにした方がいいかもしれませんが、通常問題なしです。

<?
$output = shell_exec('dig omnioo.com');
echo "<pre>$output</pre>";
?>